1、防火问题：箱式变电站一般为全密封无人值守运转，尽管全部设备无油化运转且装有远方烟雾报警体系，可是箱体内依然存在火灾隐患，如：电缆、补偿电容器等，一旦突发火灾，不利于通风，也不利于火灾的扑救，因此应考虑设计自动灭火体系，但这样会添加箱式变电站的制作成本。

2、扩容问题：箱式变电站因为受体积及制作成本所限，出线间隔的扩展裕度小，如想在原箱体中再添加1～2个出线间隔是比较困难的，必须再添加箱体才干做到。

3、检修问题：因为箱式变电站在制作时考虑制作成本及箱体体积所限，使箱式变电站的检修空间较小，不利于设备检修，特别是事端抢修，这是箱式变电站的先天不足，是无法战胜的缺点。